员工产假后离职时，公司扣除社保费的问题存在以下特殊情况：1.公司与员工有合法约定：若员工产假期间未领取工资或生育津贴，与公司约定由员工自行承担全部社保费用（包括单位部分），且约定不违反法律强制性规定，则公司可按约定扣除，但需提供书面协议；2.公司申请社保缓缴：若公司因经营困难经社保部门批准缓缴产假期间社保，员工离职时公司尚未补缴，可与员工协商补缴方案，但无权直接扣除员工费用，需待缓缴期结束后按规定补缴；3.员工产假期间未提供劳动且无工资：若员工产假期间未享受生育津贴且公司未发放工资，公司仍需承担社保单位部分，无权要求员工承担单位部分费用，仅可扣除员工个人部分。
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关于员工产假后离职，公司是否应扣除产假期间的社保费这一问题，答案是明确的。以下为您分情况详细说明：公司不应扣除产假期间的社保费。1.若员工在产假期间正常享受产假待遇（如生育津贴），公司仍需按法定比例承担社保单位部分，员工承担个人部分，离职时不得额外扣除已缴纳的社保费；2.若公司已为员工垫付社保个人部分（员工未主动缴纳），可在离职结算工资时按实际垫付金额扣除，但需提供垫付凭证；3.若公司未依法为员工缴纳产假期间社保，员工离职后可要求公司补缴，公司无权反向扣除员工费用。
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针对员工产假后离职公司是否应扣除社保费的问题，我们可以从《中华人民共和国社会保险法》中找到明确法律依据。根据《中华人民共和国社会保险法》第十条规定：“职工应当参加基本养老保险，由用人单位和职工共同缴纳基本养老保险费。”该规定适用于所有在职职工，包括处于产假期间的女职工。产假是法定休假，员工与公司的劳动关系仍存续，公司需承担社保单位缴纳部分，员工承担个人部分，这是双方的法定义务。因此，员工产假后离职时，公司无权扣除已按规定缴纳的社保费（无论是单位部分还是员工个人部分），仅可在员工未缴纳个人部分时扣除垫付的金额，否则即违反法律规定。
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员工产假后离职时，公司扣除社保费可能存在以下法律风险：1.公司被责令补缴并罚款：若公司未依法缴纳产假期间社保，反而扣除员工费用，社保部门可责令公司补缴社保，并按日加收万分之五的滞纳金，情节严重的还会处以罚款；2.员工主张经济赔偿：若公司违规扣除社保费导致员工经济损失（如无法享受医保待遇），员工可向公司主张赔偿，例如员工产假期间生病需住院，因公司未缴纳医保导致无法报销，公司需承担相应医疗费用。

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